קול קורא להגשת מועמדות למלגות מנדל מתפרסם בכל שנה בתחילת חודש יוני. התיקים של הפונות והפונים נשלחים להערכה חיצונית שלאחריה מתכנסת הועדה האקדמית של המרכז, המורכבת מחוקרים וחוקרות בעלי שם מן האוניברסיטה העברית וממוסדות אחרים בארץ ובעולם. מתוך כלל המועמדים והמועמדות נבחרים בקפידה מספר קטן של חוקרים וחוקרות המוזמנים לראיונות עם חברי הוועדה האקדמית. החוקרים והחוקרות שנבחרים נקלטים במרכז מנדל סכוליון לשלוש שנים.