השתתפות בכל אחת מארבע תכניות בית ספר מנדל מחייבת זכאות למלגת מחייה. לכל תכנית - המלגות שלה, ולחלק מהמלגות דרישות ייחודיות משלהן. משתתפי כל אחת מהתכניות מחויבים לעמוד בדרישות המלגה שבה זכו, ובנוסף עליהם לעמוד בדרישות התכנית שאליה הם שייכים.
להלן המלגות המוצעות לכל אחד מן המסלולים הבאים:
תלמידי מוסמך - מלגות מנדל
דוקטורנטים - מלגות נשיא, מלגות רוטנשטרייך, מלגות מרכז מנדל-סכוליון, מלגות מוסה, מלגות קרן עזריאלי, תכנית הברונית אריאן דה רוטשילד
פוסט-דוקטורנטים - מלגות מרכז מנדל-סכוליון, מלגות מרכז עמיתי בובר
בנוסף למלגות מוצעים מענקים למטרות מחקריות שונות, ובהן נסיעות קצרות או ארוכות להשתלמות בחו"ל ויזמוּיות מחקריות וחברתיות שונות.